In der ökologischen Tierhaltung wird viel Wert auf Vorsorge-Maßnahmen gelegt, sodass es gar nicht zu einer Erkrankung kommt. Dazu gehört beispielsweise auch das vergrößerte Platzangebot, weil die Tiere mit mehr Platz nicht so gestresst sind und weniger gestresste Tiere werden seltener krank. Auch die Auswahl von weniger hochleistenden Rassen fördert die Robustheit der Tiere und macht eine Behandlung seltener notwendig.
Werden die Tiere tatsächlich akut krank, muss selbstverständlich behandelt werden. In der Bio-Tierhaltung sollen dazu vorwiegend natürliche und homöopathische Präparate verwendet werden. Das heißt konkret, dass die Verwendung von Kräutern, die Anwendung von Aromatherapie oder homöopathischen Mitteln der Gabe von klassischen Medikamenten vorzuziehen ist.
Auch die Auswahl der Medikamente ist für den Tierarzt des Bio-Betriebs nur eingeschränkt möglich. Die Verwendung von Antibiotika ist nur einmal im Jahr bzw. im Leben eines Tieres zugelassen. Sind häufigere Behandlungen mit Antibiotika nötig, verliert das Tier seinen Bio-Status. Nach der Gabe von Antibiotika an Bio-Tiere muss die vorgeschriebene Wartezeit verdoppelt werden, bevor die Milch oder das Fleisch des Tieres wieder genutzt werden darf. Das soll sicherstellen, dass definitiv keine Rückstände des Medikaments im tierischen Produkt zu finden sind.