Besonderes Augenmerk liegt dabei auf den Nährstoffkreisläufen. Nährstoffe sind für das Bodenleben, die Pflanzen und Tiere auf dem Betrieb essentiell und sollen mit natürlichen Mitteln im Kreislauf gehalten werden.
Deshalb werden pflanzliche Abfälle und tierische Ausscheidungen als Dünger, entweder frisch oder kompostiert, wieder auf den Flächen ausgebracht.
Absolut unerlässlich ist dabei auch die flächengebundene Tierhaltung. Sie garantiert, dass auf einem Betrieb nicht mehr tierische Ausscheidungen, also Dünger, vorhanden ist, als zur Düngung auf den Flächen ausgebracht werden kann. Diese begrenzte Tierhaltung hat auch den Hintergrund, das Futter für die Tiere möglichst auf den eigenen Flächen erzeugen zu können und somit weitgehend unabhängig von Zukaufware, egal ob Dünge- oder Futtermittel, zu sein.
Um Nährstoffverluste insbesondere durch Auswaschung zu verhindern setzen Öko-Landwirte auf Humusaufbau und Zwischenfrüchte. Humus besteht aus abgestorbenem pflanzlichen und tierischem Material, daran können sich wiederum Nährstoffe binden und werden somit nicht ausgewaschen. Zwischenfrüchte nennt man Kulturen, die zwischen den eigentlichen Hauptkulturen angebaut werden, also beispielsweise nach der Ernte von Weizen und vor der Aussaat von Ackerbohnen im nächsten Frühjahr. Die Zwischenfrucht nimmt im Boden verfügbare Nährstoffe auf und stabilisiert sie damit in ihrer eigenen Pflanzenmasse über den Winter. Im Frühling wird die Zwischenfrucht vor der Aussaat der Ackerbohne in den Boden eingearbeitet. Nachdem das Pflanzenmaterial von den Bodenmikroorganismen wieder umgesetzt wurde stehen die gespeicherten Nährstoffe aus der Zwischenfrucht wieder für die Folgekultur zur Verfügung.